L’ipotesi di un ruolo delle vaccinazioni nel causare malattie autoimmuni si basa esclusivamente su casi aneddotici o studi osservazionali non controllati in cui viene descritto lo sviluppo di fenomeni autoimmuni (es. transitoria presenza di autoanticorpi). Questi fenomeni comunque non sono di per sé sufficienti per determinare l’insorgenza di una malattia autoimmune, che è invece un evento molto complesso derivante dalla concomitanza di fattori genetici multipli, endogeni ed esogeni. Le infezioni, anche quelle combattute dai vaccini, sono comprese tra i fattori esogeni in grado di scatenare i meccanismi autoimmuni e le malattie autoimmuni. Numerosi risultati della ricerca scientifica hanno escluso ogni nesso causale fra vaccini e sviluppo di malattie autoimmuni. Le malattie autoimmuni si sviluppano a prescindere dalle vaccinazioni.
I vaccini, invece, sono molto utili nel proteggere pazienti con malattie reumatiche autoimmuni in terapia con farmaci immunosoppressori, che rendono l’organismo molto suscettibile ad infezioni ancora oggi causa più
frequente di mortalità. Anche nei pazienti con malattie autoimmuni endocrine o metaboliche (es. diabete mellito tipo I, morbo di Addison, malattie infiammatorie croniche intestinali) i vaccini prevengono alcune infezioni che possono produrre alterazioni del controllo metabolico e/o endocrino e determinare maggior resistenza alla terapia antibiotica.